[2003年] [変異（Mutation）]
ストーリーの流れ－
１月 ： 日本、W.I.T.O加盟を拒否。
２月 ： 「ゲスト」、W.I.T.Oに加盟しない国のトップを暗殺、ネットワークを遮断、各国に対する生物兵器の散布、生命体を変異させる正体不明のウィルスは異星人の技術を応用した生物兵器と判明。トップを失い国としての制御力を失った各国は無政府状態に陥る。
６月 ： 人間を含む変異生物があちこちで発見される。死体が生き返って歩き回っているという噂が広がる。
８月 ： 日本、自衛隊を中心に臨時政府を樹立、戒厳令を敷く。国会の機能が停止。
９月 ： 交渉のためにW.I.T.Oと接触した日本の臨時政府代表団が全員射殺される。W.I.T.Oのウィルス散布によって神奈川県の都市部が汚染され、通行が全面的に制限される。
１０月 ： ウィルスによる人材不足と指揮権の壊滅で瓦解段階に至った国々が敗退。半分以上の国が無条件降伏を宣言するが、W.I.T.O軍の攻撃は続く。
１２月 ： 反W.I.T.O勢力のEL.A（Eternal Alliance-エターナル連合）の創設、しかし指導者が誰で、混乱の中どのような方法で勢力を統合し資金を確保したのかは不明。
エリア情報 -
レベル15~40対象の初級~中級狩場で、浅草へ移動できず、ギルド管理、個人住宅管理などの生活関連の機能は使用できない。
シティタワーアサルトと地下のミノタウロスアサルトが存在する。
移動可能マップ -
新宿、隅田公園、グリーンパーク、下水道地下１階、下水道地下２階、新宿工事現場、成田国際空港など。